门诊部设置有医务护理与药剂科、预防保健科和办公室等三个科室。

医务护理与药剂科设置全科医疗科、内科、外科、妇科、中医科、中西医结合科、护理部、药房、检验科、影像科（心电图、超声、X线诊断）等临床科室，负责门诊部医疗护理与药剂质量、业务培训、教学、科研等工作。

预防保健科负责健康教育、医疗保健、健康体检、传染病防控、公共卫生及学校食品卫生监督等工作。

办公室负责对外联络协调，对内行政工作的督促与检查、文件起草与管理、来文收发、日常事务处理、工勤人员管理与协调、后勤保障等工作。