广东海洋大学门诊部属学校二级单位，现有在编与非编工作人员39人，其中卫生技术人员32人。医护人员中获得高级职称者16人，中级职称12人。主要医疗仪器设备有X光机、B超机、心电图机、尿分析仪和血细胞分析仪等设备。根据医疗工作需要，门诊部配备救护车1辆。

校门诊部的前身是成立于2005年的校医院，她是由原三校（湛江水产学院、湛江农业专科学校和湛江气象学校）卫生机构合并组成。2021年5月，按照国家《医疗机构设置标准》，校医院规模、条件、科室等已不符合医院设置标准，经卫生行政主管部门批准，学校正式发文把校医院变更为门诊部。

目前，校门诊部设有多个业务科室，有预防保健科、健康教育教研室、临床科室（急诊室、内科、外科、妇产科、预防保健科和专家门诊）、医技科室（化验室、心电图室、X光室和B超室）、辅助治疗科室（注射室、输液室、理疗室和治疗室）、药房和挂号室， 承担着全校师生的医疗、预防保健、体格检查、健康教育、卫生监督等工作的组织与实施。门诊部全年均有医护人员在急诊室值班，为广大师生提供24 小时诊疗服务。

校门诊部切实加强医院管理，提高医疗服务质量，改善就医环境，为建设现代化医院而继续努力。学校定期送医护人员到广东医科大学附属医院、第二人民医院进修（脱产）学习三个月至半年。几年来，共培训人员18人次，提高了医院的整体医疗水平。

2021年学校与广东医科大学附属第二医院签署全面合作协议，学校门诊部正式成为广东医科大学附属第二医院医联体成员单位。